Hi,
Das hört sich danach an, dass die .encfs6.xml Konfigurationsdatei in deinem verschlüsselten Ordner überschrieben wurde. Dies kann in BoxCryptor Versionen <1.2 vorkommen, wenn man versucht den verschlüsselten Ordner in BoxCryptor zu öffnen bevor dieser Ordner zum ersten Mal komplett synchronisiert wurde, z.B. auf einem anderen Computer.
Bitte beende BoxCryptor, log dich bei dropbox.com ein und versuche ob Du eine frühere Version dieser .encfs6.xml Datei wiederherstellen kannst. Wenn Du danach BoxCryptor wieder startest, sollten die Dateien wieder angezeigt werden.
Mehr Infos dazu: https://boxcryptorsupport.uservoice.com/knowledgebase/articles/44090-my-files-have-been-disappeared-from-the-boxcryptor
PS: Wir haben diese Problematik in der neuen Version 1.2 aufgegriffen und das versehentliche Überschreiben der Konfigurationsdatei ist dort nicht mehr möglich. Den Download findest du hier