Nunja, da beide Probleme allem Anschein nach durch SkyDrive und nicht von BoxCryptor verursacht werden, können wir grundsätzlich eher wenig machen um diese zu beheben.
Problem 1) können wir nicht beeinflussen, da der Office Document Cache das Änderungsdatum der Word-Dateien in SkyDrive modifiziert - außer natürlich sich bei Microsoft beschweren. Ein möglicher "Workaround" besteht darin, die Dateinamenverschlüsselung zu aktivieren. Anscheinend hat es der Office Document Cache nur auf Dateien mit dem Word-Dateityp abgesehen und da verschlüsselte Dateien keine Word-Endung haben, lässt er diese auch "in Ruhe".
Bei Problem 2) gehe ich ebenfalls stark davon aus, dass diese "Dateizerstörung" nicht von BoxCryptor durchgeführt wird - denn dann müsste diese bei einem normalen Kopiervorgang nicht nur Word-Dateien sondern alle möglichen Dateien betreffen: BoxCryptor arbeitet auf den Byte-Daten einer Datei unabhängig vom Typ einer Datei. Außerdem ist uns keinerlei Fall bekannt, bei dem BoxCryptor für derartiges verantwortlich wäre.
Um die wahre Ursache für Problem 2) zu finden, würde mich in einem ersten Schritt ein Debug-Log interessieren, das während des Kopiervorgangs erstellt wurde (siehe mein voriges Posting). Wenn dabei nichts offensichtlich problematisch aussieht, müssten ggfs. weitere Tests gemacht werden (z.B. mit dem Process Monitor).
--Robert