BoxCryptor hat einen "Fallback" eingebaut, dass es nach Keyfile.bcx sucht, wenn es keine .encfs6.xml findet, da leider nicht nur Cubby mit dot-Dateien (also Dateien die mit einem Punkt beginnen) Probleme hat. Wenn Du die .encfs6.xml Datei also nach Keyfile.bcx umbenennst sollte es klappen.
Nach dem Umbenennen musst Du den BoxCryptor Ordner "neu öffnen" damit BoxCryptor diese Änderung bemerkt. D.h. Einstellungen -> Öffnen -> BoxCryptor Ordner auswählen. Dann sollte es wieder klappen.
Wichtig: Da in dieser Konfigurationsdatei der Schlüssel (in geschützter Form) gespeichert ist, solltest Du unbedingt ein Backup davon machen.