Hi,
BoxCryptor speichert die "gemerkten" Passwörter im Benutzerordner unter dem Pfad %LOCALAPPDATA%\Secomba_GmbH\ (also z.B. C:\Users\Arp0\AppData\Local\Secomba_GmbH) - und zwar nicht im Klartext, sondern mit der Windows Data Protection API verschlüsselt und den Logon Credentials als Schlüssel. D.h. wenn der User angemeldet ist, können die gespeicherten Passwörter entschlüsselt werden.
Mehr Informationen zur Windows DPAPI gibt es hier:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms995355.aspx
Wir haben dazu auch einen (kleinen) Artikel in unserer Knowledge Base:
https://boxcryptor.desk.com/customer/portal/articles/567731
Viele Grüße,
Robert