Nachtrag:
Habe den Eintrag HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\Boxcryptor gelöscht und jetzt funktioniert es wie gewünscht.
Ich kann jetzt die Option "Mit Windows starten" ein und ausschalten, und bekomme auch den dazugehörigen Eintrag unter HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\Boxcryptor.
Danke und freundlichen Grüße
Andreas Gangl