Der Finder zeigt standardmäßig keine versteckten Dateien an, die mit einem Punkt beginnen. D.h. die Datei ist evtl. doch vorhanden, wird vom Finder nur nicht angezeigt. U.a. hier gibt es eine Anleitung wie man den Finder dazu bringt wirklich alle Dateien anzuzeigen:
http://www.mikesel.info/show-hidden-files-mac-os-x-10-7-lion/
Sollte die .encfs6.xml Datei wirklich nicht vorhanden sein, überprüfe bitte im Web-Interface von Dropbox ob diese Datei bei den gelöschten Dateien vorhanden ist und ob Du sie dort wiederherstellen kannst.
Viele Grüße,
Robert