Hallo Tom,
Boxcryptor versucht, die installierten Cloud Storage Anbieter automatisch zu erkennen. Da es nur selten "offizielle" Wege dafür gibt, kann es sein, dass dies in Einzelfällen nicht klappt.
In einem solchen Fall, solltest Du die SugarSync Ordner allerdings ohne Probleme manuell hinzufügen können - auch wenn die kostenlose Version nur einen Speicherort gleichzeitig erlaubt.
Viele Grüße,
Robert