Also mittlerweile habe ich es hinbekommen:
Nachdem ich alle Dateien aus der Box gelöscht hatte war genug Speicherplatz vorhanden um die iPhoto library zu kopieren.
Allerdings habe ich den Vorgang wieder abgebrochen, da mir angezeigt wurde, es würde über 2 ->TAGE <- dauern.
Das ist leider für die Praxis untauglich. Es wäre wünschenswert, wenn ihr die Performance diesbezüglich verbessern könntet.
Damit ich für meine kleineren Ordner nicht auf die Dateinamenverschlüsselung verzichten muss, aber trotzdem meine iPhoto library im Boxcryptor Ordner ablegen kann, fände ich es wünschenswert, zumindest für verschiedene Ordner selektiv die Dateinamenverschlüsselung ein- bzw auszuschalten. Leider konnte ich eine solche Funktion auch nicht finden.