Die Dateinamenverschlüsselung wird erst ab dem Moment aktiv, wo du das Häkchen setzest. Alle im verschlüsselten Ordner bereits vorhandenen Dateien behalten ihren unverschlüsselten Namen - so lange ihr Inhalt nicht geändert wird.
Um auch die Dateinamen bereits vorhandener Dateien zu verschlüsseln, musst du sie zuerst aus dem Boxcryptor-Volume entfernen (z.B. indem du sie auf den Schreibtisch ziehst) und dann den Inhalt des entsprechenden Ordners löschen. Anschliessend die Dateien wieder in den Boxcryptor-Ordner zurückbewegen. Dabei werden sowohl Inhalt wie Namen automatisch verschlüsselt.
Soll auch der Ordner-Name verschlüsselt werden, musst du ausser dem Ordnerinhalt auch den Ordner selber löschen. Anschliessend im Boxcryptor-Volume einen neuen Ordner mit dem gewünschtem Namen anlegen und die zuvor entfernten (unverschlüsselten) Dateien zurück kopieren.
Beachte, dass das Arbeiten mit Dateinamenverschlüsselung zwar erhöhte Sicherheit (durch Wegfall "verräterischer" Dateinamen) bedeutet, aber auch eine empfindliche Geschwindigkeitseinbusse mit sich bringen kann - vor allem dann, wenn sich in einem Ordner Hunderte oder Tausende von Dateien befinden, womöglich noch in viele Unterordner gegliedert.