Hallo Aiko,
Die Boxcryptor Verschlüsselung funktioniert "hierarchisch":
Wenn Dateien und Ordner im "Location-Root" über den Explorer/Finder im Boxcryptor Laufwerk abgelegt werden, wird eine Meldung angezeigt, ob diese Dateien vorher verschlüsselt werden sollen. Falls dieser Vorgang aber über eine andere Software passiert, kann Boxcryptor diese Meldung nicht anzeigen und die Dateien werden unverschlüsselt gespeichert.
Um sicher zu gehen, dass alle Dateien verschlüsselt abgespeichert werden, sollte man erst einen verschlüsselten Ordner im Boxcryptor Laufwerk erstellen, und diesen dann als "Speicher-Ziel" in den Programmen angeben. Alle Dateien, die über das Boxcryptor in einen verschlüsselten Ordner gelegt werden, ganz gleich von welcher Quelle, werden automatisch verschlüsselt und mit den Berechtigungen des übergeordneten Ordners ausgestattet.
Viele Grüße,
Florian