Hi Mike,
ich vermute mal, du hast bei FreeFileSync das "virtuelle" Boxcryptor Laufwerk als Ziel ausgewählt. Das führt dazu dass die ENTschlüsselten Dateien synchronisiert werden anstelle der VERschlüsselten Dateien. Am einfachsten gehst du mal ins Boxcryptor Laufwerk, "rechts-klick" auf die zu synchronisierende Location und dann auf Boxcryptor -> "Unverschlüsselten Speicherort anzeigen". Der Pfad des sich öffnenden Explorer-Fensters ist eben dieser, den du bei FreeFileSync angeben solltest.
Viele Grüße,
Florian