Hallo Capet,
im Installationsordner der Windows-App befindet sich eine Boxcryptor-CLI.exe, die würde ich mal starten. Darin findest Du eine Auflistung der möglichen Befehle.
Alle diese Befehle kannst Du auch direkt über die Kommandozeile ausführen:
<Pfad zu Boxcryptor.exe> <Befehl>
Beste Grüße,
Christian